祖大寿率众投降，正是皇太极不惜血本追求的结果。他听完额尔克图汇报之后，立即命内院学士额色黑带着他做出的批示，赶赴锦州。
皇太极对锦州清军做出如下批示：
一、祖大寿的嫡系全部收留，其他人全部处死。
二、仔细排查锦州人口，凡是蒙古人，一律处死。
三、杏山、塔山两城，可以派祖大寿劝降；宁远，可令祖大寿部下有父母兄弟的诚实人劝降，一旦有消息，立即上报沈阳，不得擅自处理。
四、责令阿济格率领部下，兵分两处，一处在海边扎营，一处在山下扎营，在塔山以西截断连山大路。
济尔哈朗接到皇太极的批示之后，把非祖大寿嫡系的明军将士悉数屠杀。
祖大寿献城投降，被押往沈阳的洪承畴命运如何呢？
在皇太极看来，洪承畴文武全才，是明政府中为数不多的治世能臣，是清政府开疆拓土急需的高级管理人才。更重要的是，洪承畴在明政府官场混迹多年，军政两界人脉极广。特别在陕西军界，他的很多门生、下属均担任要职。一旦他归属清政府，日后在清军入关与明军对决中，将会产生几支大军都无法企及的能量。
