元代回回人足迹遍天下，凡回回人大多数都信仰伊斯兰教，很少有例外。这一方面是因为回回人善于经商，要奔走四方；另一方面是因为元朝政府采取了宗教兼容政策，使得伊斯兰教得以在全国传播。他们居住大体上是大分散、小集中，始终保持自己的风俗习惯特色。元朝建国之初的中统三年（1162年），中都（北京）即有回回人三千余户，多系富商大贾。
依据诸色人户各依本俗管理的规矩，元朝政府在中央设有回回哈的司，掌管宗教活动及有关回回人的户婚、钱粮以及部分刑名事务。
元代伊斯兰教仅流行于回回人中，蒙古人权贵中只有忽必烈之孙阿难答是虔诚的伊斯兰教徒。他是安西王忙哥剌之子，忙哥剌领有的关陇河西地区，正是西域进入中原的孔道，这里回回人甚多，阿难答自小受到伊斯兰教的熏陶，便皈依了该教。他的部下15万人中有一半以上信仰伊斯兰教。成宗崩后，他争夺帝位失败被诛，但是伊斯兰教在西北地区的影响却无法消除了。明末在元代的亦集乃路（内蒙额济纳旗东黑城）还发现过伊斯兰教的礼拜寺遗址。
五、基督教
景教是基督教的一个教派，称聂斯脱利派，元代文献也写作也里可温。景教在唐代传入中国，当时称波斯经教，教堂称波斯寺，后来改称大秦寺。辽、金时期，中国西北和北方的一些少数民族如克烈部、乃蛮部、汪古部等信仰景教。元代设崇福司，“掌领马儿·哈昔、列班、也里可温、十字寺祭享等事”[85]。马儿·哈昔是叙利亚文的音译，是对聂斯脱利主教的称呼；列班意为法师、律师，是对聂斯脱利僧侣的称呼。他们也享有蠲免差发的优待。元代景教徒较多的地区是唐古特（泛指青海、西藏地区）、汪古、大都及江南部分地区。
